زنجیره ای از باقیمانده ها را در یک شبکه خم کنید تا واحدهای آبگریز در یک هسته مدفون جمع شوند - و انرژی را به حداقل ثابت شده خود فشار دهید.
یک پروتئین به عنوان زنجیره ای از باقی مانده های آبگریز (H) و قطبی (P) روی یک شبکه دو بعدی مدل سازی می شود. همسایگان آبگریز که در مجاورت یکدیگر قرار می گیرند بدون اینکه به هم متصل شوند، انرژی را کاهش می دهند. هدف شما این است که زنجیره را تا کنید تا باقیمانده های H یک هسته فشرده تشکیل دهند و به انرژی بهینه برسید.
Helixfold بر اساس مدل کلاسیک شبکه آبگریز-قطبی تاشو پروتئین ساخته شده است و جستجوی یک چین را به یک پازل تبدیل می کند.
زنجیرهای از باقیماندههای آبگریز و قطبی روی یک شبکه، که در آن تماسهای H-H بدون پیوند انرژی را پایین میآورند، مدل HP تاخوردگی پروتئین است.
امتیازدهی مستقیم به انرژی بهجای شباهت به شکلی شناختهشده، رویکرد ابتکاری بازی است.
انرژی هدف درستی است چون همان چیزی است که طبیعت کمینه میکند. اثر آبگریزی باقیماندههای ناقطبی را به درون میراند، و مدلی که جز این چیز زیادی ندارد باز هم هستهی فشردهای را که پروتئینهای واقعی دارند بازتولید میکند — و به همین دلیل مدل HP بهعنوان ابزاری آموزشی و پژوهشی باقی مانده است.
Helixfold بر اساس مدل کلاسیک شبکه آبگریز-قطبی تاشو پروتئین ساخته شده است و جستجو برای ترکیب کم انرژی را به یک پازل لمسی تبدیل می کند. این یک بازی مرورگر رایگان و اصلی با سه طول زنجیره و حالتهای تمرین روزانه به علاوه است.